P E M B I N A A N
Pada bidang Pendidikan Agama, kami masih terus melakukan perubahan sistem dan pemilihan materi serta kitab pegangan, dan mulai tahun 1996/1997 kami sudah sampai pada sistem yang dapat dibakukan, yakni:
1. Mengelompokkan siswa yang berasal dari MI dalam 2 (dua)  Unit SMP
- Unit A untuk putera dan Unit BA untuk Puteri
- Unit ini nanti pada saat masuk ke SMA juga dikelompokkan dalam kelas tersendiri.
2.  Kelas I
- SMP : belajar sebanyak 58 jam/minggu, dengan 18 jam bidang studi Agama
- SMA : belajar sebanyak 70 jam/minggu, dengan 20 jam bidang studi Agama
3. Kelas II
- SMP & SMA masuk asrama/ pesantren yang diberi nama “Nurul Islam”.
4. Kelas III. Seperti kelas I (tidak berasrama), jadi berasrama hanya 1 tahun untuk :
- menambah pengajian sistem makna.
- menanamkan akhlaq santri yang baik
- dan lain-lain
Sementara itu, untuk mempertahankan serta meningkatkan kualitas, kami menciptakan beberapa nilai tambah dalam sekolah YPM, antara lain:
- Untuk sekolah kejuruan, menyempurnakan alat-alat praktikum dan memperbesar frekuensi praktikumnya.
- Untuk SMP / SMA :
2.1. Mengintensifkan Pendidikan Keterampilan, dengan memberikan sertifikat.
2.2. Melengkapi Sekolah-sekolah dengan pendidikan Komputer
2.3. Mengintensifkan Kegiatan Ekstra Kurikuler
2.4. Menertibkan dan mengintensifkan karya-wisata :
2.4.1. Untuk SMP, tiap tahun mengadakan perkemahan di tiga tempat : Ziarah Wali 9 – Wonosalam – Studi Observasi
2.4.2. Untuk SMA, kelas II : Ziarah Wali 9 dan Jakarta


